仮想メモリやキャッシュやらで四六時中読み書き削除繰り返しているwindowsとかと違って、書き込みはインストール時1回だけで普段は読み込みだけのswitchでは断片化なんて無視できるレベルだと思う
ましてや断片化したら物理的にヘッドを動かさないといけないHDDでもないんだし