深穴近くに巨人根があるってことは深穴の上には元々巨大樹が立っていたって事なんじゃないかな
実際デクの樹も地底深くまで大きな根を生やしていたし、中心部が朽ちて地底まで通じる穴が出来ていた
デスマウンテンやビリディン高地の深穴みたいに自然に地下まで穴が空いている場所を除きハイラル中で地底にアクセスするポイントを作るのに巨大樹を伐採して中心をくり抜くのが一番手っ取り早かったのかも