例えば神獣を2体倒してから本丸に行くと、倒してない2体のカースガノンと連戦
その後繭から厄災ガノン登場、下に落ちた後に攻略した神獣からビームが撃たれ1体につき厄災ガノンのHPを1/8減らす

全く神獣攻略してないならカースガノン4連戦の後厄災ガノン、ビームなし
神獣全て終わってるならカースガノンは一切登場せず、厄災ガノンに4体の神獣ビームでHPが半分まで減る

基本的に本丸に入ってムービーが始まったら、そこから先の展開はセーブデータに残らないので
本丸に入る前にどれだけ神獣を攻略してるかで展開が変わるのみ
ガノン倒してクリアしたら、セーブデータの続きは本丸に入る直前からリスタート