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おじさんの人物名鑑「100年前の厄災で封印が緩んだ」開発者インタビュー「ラウルの施した封印はハイラル城を空気清浄機のように機能させ瘴気を浄化する仕組み」
オープニングのゼルダ「なんか地底から瘴気が漏れて被害報告が出てるし調査に行こうぜ」

このあたりの情報を見るに比較的最近までは瘴気が漏れ出す余地はなく、遥か昔から暴れまわっていた厄災ガノン≠最近になっておじさんから漏れた瘴気という事でやはり両者の出自は別物な気がする