長文いくぞっ！
昨日・・・いや一昨日か、自分がテストしたのは

・カセット1.0.0でパラYB出来た
・手持ちのDL版1.1.1とバージョンを合わせるで1.1.1化に成功
・1.1.1化した後はアプリ再起動しても1.1.1のまま
・アプリを一度消してしまうと1.0.0に戻ってしまう

・1.0.0を1.1.2にしてセーブデータ作って、セーブを残したままアプリを削除して、カセットを入れると強制的に1.1.2になってしまう
(おそらくアップデートデータはセーブデータと同じフォルダで管理されていると推察)
・セーブとアプリの両方を削除して、カセットを入れると1.0.0のまま起動できて、拠点砦まで進めてパラYB出来ることを確認した。(本体の初期化は不要と判断できる)

・1.1.2のセーブをサーバーにアップして、本体からセーブとアプリを削除して、カセットを入れると1.0.0のまま起動できるが、サーバーからセーブをダウンロードするとバージョンアップしないと起動できなかった。
(サーバーにアップされるのはセーブデータのみで、アップデートデータはローカルのみで管理されていると推察)