正体知ってたのは最初からだよ。Vがダンテに依頼した時から伝えられてる。ご丁寧にVが 「VERGIL」のVを撥音する時の下唇を噛むような口元のモーションだけ写されてイベントシーンが終わる。
ダンテが見誤ってたのはVの真の目的。普通に討伐して欲しいって言うから協力したのに、Vはユリゼン弱らせてから融合してモアパワーしたかっただけ。