3と4の開発経緯はこんな流れ

上層部が成功続きの三上を危険視し、三上抜きでバイオ3の企画が進められる(通称：船バイオ)
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3の開発がPS2にシフトすることになり、神谷体制でリブート
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代わりに三上が作ってたバイオ1.9が3になる
当然、三上は激怒するも方向転換を余儀なくされる
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自動的に神谷バイオが4になるがDMCに転生
その裏で柴田バイオが作られる(通称：幻覚バイオ)
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結局、幻覚バイオも没って三上がリブートし現在の4になる