イレギュラーとして強いレプリが暴れる→手を付けられずになんとか鎮静→もう強いのは作らないようにしよう的な感じで年々弱くなってるんじゃないかね。

ってか後付で作られたボスとはいえ理論上マグマード・ドラグーンはX2の時にはこっち側だったわけで、フレイム・スタッガーなんてドラグーンの部隊お誂え向きのハズなのにエックスに任務回されてる時点で大した事なさそう。