南の島で卵を発見、日本に持ち帰るとハルゴンの子供が生まれる
ハルゴンは他の怪獣の巣に托卵する習性があったのだ
アカエは同じ巣にあった卵を自分の姉妹だと思いう奪い返すため再び日本に飛来
日本政府は対怪獣兵器としてメカハルゴンを開発
たった一匹を仲間を守るため再びハルゴンに変身するクロエ
ベビーハルゴンを巡る三つ巴の戦いが始まった