入れ替わり後の2人それぞれを書き表すにはやはり “玲琳 in 慧月” / “慧月 in 玲琳” が最適かな。“玲琳(慧月)”って書くと、

・玲琳(じつは慧月)
・玲琳(外見は慧月)

のどちらとも取れてしまう。前者のほうに捉える人が多勢だろうけどね。